Bien que le résultat final soit identique, il faut différencier le métabolisme de l’ammoniac des bovins et porcins de celui des volailles. Lors de la digestion, une partie des protéines n’est pas absorbée par l’animal et sera alors soit utilisée par les bactéries de l’intestin pour leur propre métabolisme soit rejetée sous forme d’urée (cochon, vache) ou d’acide urique (volaille). Ensuite, la majeure partie de l’ammoniac est produite dans le milieu extérieur, depuis le lisier ou la litière. L’azote sous forme d’urée présent dans l’urine des cochons va réagir avec une enzyme, l’uréase, produite par des bactéries spécifiques présentes dans les fèces. Les conditions idéales sont alors réunies lorsque l’urine se mélange avec les déjections pour entamer le processus de dégradation. Pour la volaille, c’est sous forme d’acide urique que l’azote non absorbé va être évacué dans les déjections. Une fois encore, dans des conditions humides (la litière sous les pipettes d’eau par exemple), l’uréase va permettre la formation d’ammoniac.

L’humidité des bâtiments, la ventilation, le pH ou encore la température sont des paramètres qui vont influencer dans un sens ou dans l’autre sûr le métabolisme de l’ammoniac. En effet, ils vont pouvoir changer l’équilibre NH₃/NH₄+ et ainsi atténuer ou intensifier la libération de l’ammoniac dans l’air. On peut également mentionner la nutrition comme facteur majeur influençant les émissions d’ammoniac puisqu’un aliment trop concentré en protéine, mal équilibré ou fabriqué à partir de protéines de mauvaise qualité va conduire à une augmentation des déchets azotés par l’animal.

L’aquaculture est également concernée par ces problématiques puisque l’ammoniac absorbé au niveau des branchies peut engendrer de nombreux troubles et dommages chez toutes les espèces. Le taux d’ammoniac dans les bassins de production est un critère de qualité de l’eau à prendre en compte au même titre que les autres paramètres précédemment.